John Dee nacque a Londra il 13 Luglio del 1527. Suo padre Roland Dee, proveniva da una famiglia piuttosto distinta e amava profondamente suo figlio. Rendendosi conto delle grandi capacità di John, lo indirizzò principalmente allo studio della Letteratura Greca e Latina.

Successivamente studiò a Chelmsford, nell’Essex, ma poi, avendo completato felicemente in suo curriculum di studi, verso la fine del 1542, a sedici anni di età, fu iscritto dal padre a Cambridge, nel collegio dedicato alla memoria di San Giovanni Evangelista, al Corso di Scienze Superiori.

A Cambridge Dee acquisì una grande cultura ad incredibile ritmo, lavorando sui suoi libri e nelle ore di istruzione individuale fino a diciotto ore al giorno.

Nel 1548 ottenne la laurea di Professore d'Arte e si recò a Louvain, dove insegnava diritto civile, mentre segretamente si dava allo studio delle scienze occulte.

Nel 1550 lasciò Louvain per completare la sua istruzione nel Continente. La sua fama si diffuse in Europa e a 23 anni egli tenne una lezione su Euclide di fronte a un pubblico entusiasta all'Università di Parigi.

Grazie alla sua reputazione di grande filosofo, rimase per due regni a servizio della Corte Inglese.
Nel 1555, sotto il regno di Mary, venne però accusato di aver attentato con arti magiche alla vita della regina. Venne imprigionato e giudicato prima dalla Camera stellata di Westminster, che lo prosciolse, e poi da un tribunale ecclesiastico, che lo condannò.

Il 29 agosto 1553 le regina Mary lo fece scarcerare. Dee lasciò l’insegnamento pubblico e si dedicò allo studio delle antichità inglesi, raccogliendo preziosissimi cimeli.

Nel 1558, in occasione dell’ascensione al trono di Elisabetta, secondogenita di Enrico VIII, Dee fu chiamato a corte e fu incaricato di redigere un oroscopo per accertare la data più favorevole alla sua incoronazione.

Annoiato dalla vita di corte, nel 1563 lasciò di nuovo l’Inghilterra e viaggiò in Belgio, Germania, Austria e Ungheria.

Durane il viaggio di ritorno si formò ad Aversa, per terminare la "Monade geroglifica", che dedicò all’imperatore Massimiliano II (1527-1576). Pochi lavori sono stati ristampati in tempi moderni, con l'eccezione di "La Monade Geroglifica", che, fin dalla sua prima apparizione nel 1564 ("Monas Hyerogliphica", Antwerp, 1564), è passato attraverso sei edizioni e si trova ancor oggi. In quest'opera Dee tenta di simbolizzare l'omogeneità del l'Universo e del Creatore, ogni elemento individuale essendo descritto come componente rapportato alla Monade, rappresentato come emblema Mercuriale combinato con il punto e il Crescente Binario.

Tornato in Inghilterra, si stabilì a Greenwich, residenza estiva della regina, e si intrattenne con lei sulla pietra filosofale. Preso nuovamente dal desiderio di viaggiare nel 1571 si recò nella Lorena. Ammalatasi la regina Elisabetta dovette tornare in Inghilterra. Si stabilì allora Mortlake, sulla riva destra del Tamigi, a otto miglia da Londra, dove la regina si recava d'estate a respirare aria pura.

A Mortlake si sposò e per alcuni anni visse tranquillo.

Essendogli morta la moglie nel 1575, entrò sempre di più nelle grazie della regina, che spesso si recava a visitare la sua famosa biblioteca e le celebri collezioni raccolte. Dee, nel frattempo, si dedicava alla ricerca degli Arcani della filosofia occulta e soprattutto allo studio del problema dell'Elisire Filosofico.

Al principio del 1580 il Dee si mise in società con un giovane venticinquenne, detto Kelley, per studiare l'occulto; costui l'accompagnò sempre in tutti i viaggi e fu cagione delle sue sventure.

Credendo d'essere perseguitato, il 21 settembre 1583, Dee fuggì da Mortlake con la sua seconda moglie Jane Fromond, (sposata il 5 febbraio 1578), con suo figlio Arturo, allora di quattro anni, con gli altri suoi bambini, con Kelley e sua moglie (sposata in quello stesso anno) e coi servi, insieme con un tale Alberto di Lasky, nobile Polacco. Costoro, dopo molte peripezie, sbarcarono a Briel (Olanda), donde si diressero al castello del Lasky (presso Cracovia), che raggiunsero felicemente il 3 febbraio 1584.

Dee rimase soltanto cinque settimane al castello di Lasky. Il 9 marzo del 1584 si recò a Cracovia, dove continuò le sue operazioni magiche.

Dopo un soggiorno di alcuni mesi in quella città, si rimise in viaggio e giunse l’8 agosto a Praga, dove Rodolfo II, imperatore di Germania, teneva una brillantissima corte. Dee e Kelley si recarono alla corte dell’imperatore, ma Rodolfo II dubitò subito della scienza di Dee.

Dee fu così costretto a lasciare Praga e dopo molte peripezie, il 2 aprile 1585, tornò a Cracovia. Anche a Cracovia le cose non andarono bene: il re Stefano accolse Dee alla sua corte e il 27 maggio del 1585 accettò di partecipare a una seduta magica. Ma quando si trovò all’atto pratico, si spaventò moltissimo, lasciando da solo Dee, del quale poi respinse ogni ulteriore proposta.

Verso la fine di luglio del 1585, Dee tornò a Praga in pessime condizioni finanziarie. Là lo attendevano altre traversie. Fu pedinato da un certo Francesco Pucci, un fiorentino, spia del Sant’Uffizzio, che su richiesta del vescovo di Piacenza, nunzio del papa, aveva istruzioni di condurlo a Roma e di bruciarlo come mago e negromante. Dee si salvò grazie all’imperatore, che lo sottrasse al rogo, ma lo bandì dai suoi stati.

Un suo allievo, il nobile Guglielmo Ursino, signore di Rosenberg, burgravio di Boemia, dopo averlo difeso di fronte a Rodolfo II, l’ospitò nel suo castello di Tresbona. In esso lo sfortunato Dee dimorò dal 1586 al 1589.

Nel 1589 la regina Elisabetta lo richiamò in patria. Essendo sempre considerato un mago e un negromante, il Dee fu nuovamente veduto di mal occhio dalla corte e dal clero.

Il 20 maggio 1595 la regina lo nominò rettore del Christ's College di Manchester, che egli abbandonò volontariamente nel 1604 per tornare a Mortlake.

Dopo la morte di Elisabetta nel 1603, la vita e la salute di Dee si deteriorarono rapidamente. La sua reputazione come mago continuò ad intralciarlo e persino al College di Manchester incontrò ostilità.

Il successore della regina, Giacomo I, autore di "Demonologia", in seguito divenuto il testo dei cacciatori di streghe, lo trattò sfavorevolmente, ma gli permise di vivere in relativa pace per il resto della sua vita.

Dee morì nel 1608 e fu sepolto nella Chiesa di Mortlake.